La présentation des informations sur écran occulte un problème complexe: celui de la synchronisation. Ce n'est pas tout de décoder des flux d'informations et de les produire à l'écran. Encore faut-il être capable de les synchroniser. Pour y parvenir, on ajoute dans le flux multimédia un signal d'horloge, qui servira de référence temporelle absolue, et des signaux de référence temporelle relative. Les informations de référence relative sont destinées à permettre une meilleure interprétation des divers flux qui composent un signal multimédia.
Du côté de l'encodeur, on prévoit des signaux de synchronisation quand il s'agit de présenter des flux concourants. Par exemple, la norme MPEG-1 inclut ce type de signaux tout au long de l'encodage pour faciliter la tâche du décodeur. Les difficultés du décodeur sont souvent dues à la nécessité de partager les ressources entre différents activités (accès au disque, gestion de l'écran, décodage du son ou de la vidéo, ...). C'est la raison qui a poussé le groupe MHEG, un autre groupe de l'ISO, a définir plusieurs normes pour le codage de signaux multimédia complexes. On espère ainsi maîtriser la complexité dès l'encodage et inclure les signaux simplifiant la tâche de décodage.